Предпочтительный метод для задания положения MediaController — использовать метод setAnchorView. Вот только VideoView после загрузки всё сбивает, и MediaController может появится не там, где нам хочется.

Решение простое: создать свой класс унаследованный от MediaController, переопределить метод setAnchorView и оставить его пустым.

public class ConstantAnchorMediaController extends MediaController
{

    public ConstantAnchorMediaController(Context context, View anchor)
    {
        super(context);
        super.setAnchorView(anchor);
    }


    @Override
    public void setAnchorView(View view)
    {
        // ничего не делаем
    }
}